邵武第二中学创办于1947年秋，由时任江西省黎川县县长的和平人李屏山先生筹资办起私立邵武县和平初级中学，1950年2月学校由邵武县人民政府接办，1952年3月与邵武初级中学合并，称邵武初级中学，1954年10月改名为福建省邵武第二中学，1968年12月，学校成立革命委员会，1978年4月复称福建省邵武第二中学至今。1970年秋开办高中部，至1995年秋季，受当时“中专热”的影响，无高中生源而一度停办。于2003年秋又恢复了高中招生，至2008年由于农村生源急剧减少而停办高中部。